黨委書記： 蘭莉蕓
辦公電話： 6181623
電子郵箱： 258612315@qq.com
工作分工： 主持學院黨委全面工作。
聯系部門： 綜合辦公室、海上交通安全研究所、交通安全應急信息技術國家工程實驗室集大分實驗室、海事海商研究所、航海系第一黨支部、航海系第三黨支部、交通與物流系第二黨支部、研究生黨支部、學生第三黨支部。
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黨委副書記、院長： 楊神化
電子郵箱： yangshh@163.com
工作分工： 主持學院行政全面工作。
聯系部門： 船舶輔助導航國家地方聯合工程研究中心、福建省船舶助導航工程技術研究中心、航海技術研究所、水上訓練中心黨支部、學生第一黨支部。
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黨委副書記、紀委書記、工會主席： 曹兆平
辦公電話： 6181624
電子郵箱： 591494468@qq.com
工作分工： 分管紀委工作、學生思想政治教育與管理、學生黨建、行政管理、宣傳工作、安全穩定、文明校園建設等工作，主持工會工作。
聯系部門： 學院團委、半軍事化管理辦公室、輔導員辦公室、工會、航海實驗中心黨支部、學生第二黨支部、學生第六黨支部、學生第七黨支部、學生第八黨支部。
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副 院 長： 初良勇
辦公電話： 6180330
電子郵箱： chuliangyong@163.com
工作分工： 分管研究生教育、科研及科技成果轉化、學科建設、平臺建設、采購管理等工作。
聯系部門： 科研辦公室、交通與物流系、現代物流研究中心、廈門東南國際航運研究中心、航海系第二黨支部、交通與物流系第一黨支部、學生第十黨支部、學生第十一黨支部。
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副 院 長： 曹寶根
辦公電話： 6180754
電子郵箱： caobaogen69@126.com
工作分工： 分管教學、實驗與實習、對外交流、船員教育和培訓質量管理體系建設、船員教育與培訓等工作。
聯系部門： 教學辦公室、航海系、航海實驗中心、水上訓練中心、行政黨支部、學生第四黨支部、學生第五黨支部、學生第九黨支部。
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副 院 長（掛職）： 陳金海
辦公電話： 6181605
電子郵箱： jhchen@jmu.edu.cn
工作分工： 協助分管實驗與實習、船員教育與培訓、科研平臺管理等工作。